關原之戰後35年，日本在變遷的時代中逐漸恢復和平。然而，某天突現可怕的怪物——「群凶」，它們襲擊人類，以血肉為食。幕府秘密派遣討伐隊剿滅群凶，並將相關地域焚毀掩蓋真相。
遠離紛亂的多胡宿，曾是忍者的凜（木村文乃 飾）隱姓埋名，作為醫生源三郎（高橋克實 飾）的助手，與無血緣關係的養女時（田牧空 飾）平靜生活。某日，為了獲取治癒時病症的葯，凜遠行至某村，卻發現那裡血跡斑斑、屍骨遍地，恐怖異形的群凶襲來。這一刻，她的悲痛往事浮現腦海。為了保護如親生女兒般珍貴的時，凜踏上了一場生死未卜的旅程。與此同時，一個仍保有人類意識，卻變成「半群凶」的男子士郎（田中樹 飾）被世人厭惡幽禁。他苦於不知自身來歷，為了解開身世之謎，踏上了尋找某人的旅程……